10 ans de sélection génomique

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GRAND ANGLE LAIT / Dans le cadre de Grand Angle Lait, l’Institut de l’Elevage a organisé le 26 mars un webinaire sur les apports de la génomique dans la sélection. Les intervenants ont rappelé les bases de la sélection génomique, puis explicité les différentes avancées et perspectives de recherche sur cette technique.

Cela fait 10 ans que la sélection génomique se développe en France. Les premières applications sur taureaux ont permis d’obtenir des informations plus rapides sur les candidats à la sélection et de réduire les temps de générations. Le génotypage des jeunes veaux mâles est ainsi venu remplacer le testage sur descendance dans les principales races laitières. 
Dorénavant, c’est le testage des génisses qui se démocratise, grâce à une diminution du coût du génotypage. L’Institut de l’Elevage estime qu’en moyenne 15% des génisses sont génotypées, ce pourcentage pouvant aller jusqu’à 60% selon les races et les secteurs. Cette démocratisation répond à un double enjeu : réaliser une sélection intra troupeau pour l’éleveur mais également augmenter et renouveler les populations de référence.

Des index aux prédictions fiables
Pour l’éleveur, sélection génomique signifie informations précoces sur les aptitudes futures d’une génisse. Vincent Rétif, éleveur de Prim’Holstein et président de l’entreprise de sélection XY Evolution raconte « on a une idée précise de leur future morphologie, de leur résistance aux mammites, leur potentiel de production. On peut les hiérarchiser par profils d’intérêts, suivant les objectifs de l’élevage, et optimiser leur premier accouplement ». Se pose alors la question de la précision des prédictions réalisées grâce aux index. Sont-ils de bons indicateurs des performances futures ?  La réponse est oui ! Une étude rassemblant 15 400 génisses Prim’Holstein, 7 800 Montbéliardes et 2 800 Normandes génotypées à moins d’un an (2016), et ayant eu leurs premières productions en 2018 et 2019 le confirme. Pour chaque race, les génisses ont été réparties en classes d’index, et leur performance moyenne comparée aux performances attendues. Que ce soit en production laitière, en taux cellulaire, en fertilité, ou en morphologie, on retrouve des écarts entre classes d’index similaires à ce qui était attendu. Par exemple, explique Sophie Mattalia, chef de service à l’Institut de l’Elevage, « on attendait une différence de 1200 kg lait entre les moins bonnes classes et les meilleures, et on a obtenu une différence de 1300 kg lait ». Cependant, elle précise que pour une même classe d’index, il peut y avoir une variabilité entre les vaches car « la génétique n’explique pas tout ». 

De nouveaux critères de sélection
La taille des populations de référence est très importante pour la précision de ces index. La démocratisation du génotypage des génisses a pour conséquences une augmentation de ces populations dans toutes les races, y compris régionales, explique Didier Boichard, directeur de recherche à INRAE, UMT eBIS. En Montbéliarde 3000 taureaux et 100 000 vaches ont été testés, en Vosgienne, 70 taureaux et 2000 vaches. Avec des populations de référence importantes, de plus en plus de critères peuvent être évalués, puis sélectionnés. Ainsi, de nouveaux objectifs de l’éleveur pourront rentrer en ligne de compte, comme la résistance à la paratuberculose, la santé des pieds, les risques d’acétonémie, l’efficience alimentaire ou encore la fromageabilité du lait ou la résistance à la chaleur.

Attention à la consanguinité
Si la génomique s’avère un outil puissant pour la sélection, tous les intervenants insistent sur l’importance d’être vigilant quant à la baisse de diversité génétique, et les problèmes de consanguinité que peuvent impliquer un intervalle de génération plus court. Sophie Mattalia indique ainsi une forte accélération de la consanguinité depuis le début de la sélection en Holstein. Didier Boichard estime que l’impact d’un intervalle de génération court doit être « compensé par un nombre de taureaux diffusés nettement plus élevé qu’auparavant, ce qui pourrait être rendu possible par la diminution du coût unitaire du taureau mis en marché ».

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